敦賀教会は「日本キリスト教団敦賀津内教会（創立1908年）」と「日本キリスト教団富貴教会（1909年）」という二つ教会が1950年に合同して出来た教会です。
　先ず敦賀津内教会は1891年（明治24年）講義所にて伝道が開始されました。しかし、1897年（明治30年）に撤退、再び1908年（明治41年）に日本基督教会敦賀講義所が設立されます。以来民家で集会を持ちつつ、1931年（昭和6年）に教会堂と牧師館を建築、1941年（昭和16年）に日本基督教団敦賀津内教会となりました。
　一方富貴教会は、1909年（明治42年）日本メソヂスト講義所が設立されました。こちらも民家で集会を始めたようです。1915年（大正4年）には日本メソヂスト富貴幼稚園を設立し、地域に幼児教育を始めました。1936年（昭和11年）には教会堂、牧師館、幼稚園舎を建築し、日本メソヂスト敦賀教会となり、1941年（昭和16年）には日本基督教団富貴教会となります。二つの教会とも旧教派時代の歩みには日本人伝道者、信徒の労苦と共に宣教師の多大な労苦があったものと思われます。
　

　それぞれに戦時下の苦難の歩みを続けていましたが、1945年（昭和20年）、戦災で敦賀富貴教会が焼失してしまいます。以後敦賀津内教会と合同することになりました。そして1950年（昭和25年）正式に二つの教会が合併し、日本基督教団敦賀教会として歩み始めました。1951年2月（昭和26年）には現在地に牧師館を、同年8月には教会堂を建築しました。そして1976年（昭和51年）には教会墓地を、1978年（昭和53年）には教会・牧師館を新築しました。
　また日本メソヂスト富貴幼稚園は休園の期間をはさみながらも幼児教育を続け、敦賀教会幼稚園として歩み、1978年には学校法人栄光学園敦賀教会幼稚園となり、幼稚園舎を新築しました。
　そして現在、敦賀教会は現住陪餐会90名。2001年度1年間の無牧師期間を経、2002年4月に牧師として木谷誠が着任しました。二つの教会が合同し、日本基督教団敦賀教会として歩み始めてから6代目となります。敦賀教会と敦賀教会幼稚園とは手に手を携え、敦賀の町にその歩みを進めています。